Z tego co widzę to używasz funkcji getline, więc jeśli w którymś pliku wystąpią nadmiarowe białe znaki to program ich nie zignoruje (są zadania w których dobrze że tak się dzieje, ale są takie w których nie trzeba się nimi przejmować).

Skoro białe znaki i tak są ważne jest w Windowsie (a w Linuxie na pewno jest też jakaś ) funkcja porównująca dwa pliki: fc.
Więc otwierasz okno poleceń, przechodzisz do folderu z plikami i wpisujesz:

fc plik1 plik2

I wiesz czy pliki są identyczne czy nie. Oczywiście wiem że Twój program wypluwa ilość nieidentycznych linijek co jest zaletą, ale i tak ich trzeba szukać ręcznie - mała różnica w porównaniu z informacją że są różne.

PS. Portal z którego ściąga się binarke wymaga rejestracji przez facebooka, google+ lub jakieś inne opcje - mnie to zniechęciło do ściągania.

Też zauważyłem ten wątek, ale się wstrzymałem z komentowaniem
Czy jest sens robić tego typu program, gdy są już gotowe, darmowe, do wykorzystania?

Z jednej strony na pewno tak, przy jego tworzeniu i poprawianiu masz okazję dużo się nauczyć. To że dałeś tu takie info, też może CI wyjść na dobre, możliwe, że dostaniesz trochę opinii i komentarzy od ewentualnych "końcowych uzerów". Aby jednak tak się stało, twój "produkt" musi być konkurencyjny wobec istniejących.

Warto więc zobaczyć jak działają inne tego typu programy i jak używają je użytkownicy. Ja używam linuxa, więc dużo Ci nie pomogę.
Pod linuxem jest multum takich programów, ja używam diff - konsolowy a czasami meld'a - wersji okienkowej, która dokładniej pokazuje różnice.
Jest jeszcze cmp - porównuje pliki binarnie - bajt po bajcie, diff porównuje pliki tekstowe, liniami.
Jak działa diff - jeżeli pliki są jednakowe, domyślnie, nic nie wyświetla, ale po dodaniu przełącznika wyświetla że podane pliki o wielkości takiej i takiej były identyczne.
Dla mnie jest to wystarczająca informacja - było ok i program nic nie wyświetlił, lub były różnice i wtedy wyświetla linię poprzedzającą, linię/linie różniące się i jedną następną, oraz numery linii. To zachowanie, można oczywiście zmieniać przełacznikami, ale ja z tego nie korzystam, wystarcza, że jest błąd i muszę go szukać już ręcznie w kodzie programu, a nie w pliku wyjścia [ewentualnie muszę znale[color=#FF0000][s]ś[/s][/color]źć dla jakich danych wejściowych mam błędy] - jak by to robił twój program byłby super - dla błędnej linii outputu, wyświetlał odpowiednią linię input.
Program diif, uruchomiony bez parametrów wyświetla podpowiedź, ma też dokumentację [man diff] oraz można w necie znaleźć i ściągnąć jego źródła [ramka niżej - home page] - w końcu to program na licencji gnu. Popatrz [fragment]:

diff
diff: missing operand after 'diff'
diff: Try 'diff --help' for more information.

diff --help
Usage: diff [OPTION]... FILES
Compare FILES line by line.
Mandatory arguments to long options are mandatory for short options too.
      --normal                  output a normal diff (the default)
  -q, --brief                   report only when files differ
  -s, --report-identical-files  report when two files are the same
  -c, -C NUM, --context[=NUM]   output NUM (default 3) lines of copied context
  -u, -U NUM, --unified[=NUM]   output NUM (default 3) lines of unified context
  -e, --ed                      output an ed script
  -n, --rcs                     output an RCS format diff
  -y, --side-by-side            output in two columns
..........
i jeszcze kilka[nascie] linii opcji ;-), a na koncu:
..........
FILES are 'FILE1 FILE2' or 'DIR1 DIR2' or 'DIR FILE...' or 'FILE... DIR'.
If --from-file or --to-file is given, there are no restrictions on FILE(s).
If a FILE is '-', read standard input.
Exit status is 0 if inputs are the same, 1 if different, 2 if trouble.
Report bugs to: bug-diffutils@gnu.org
GNU diffutils home page: <http://www.gnu.org/software/diffutils/>
General help using GNU software: <http://www.gnu.org/gethelp/>

Poczekaj, lub wróć do tego postu, bo jeszcze nie skończyłem, za jakiś czas jeszcze wrócę tu do edycji lub w nowym poście i trochę jeszcze dopiszę, jeżeli będziesz oczywiście chciał

Tak dokładnie jak mówisz. Wiec jeżeli Kubo chciałbyś poprawić swój program to do programu w podstawowej wersji wprowadzasz 3 informacje:
- ścieżkę do folderu z wejściami
- ścieżkę do folderu z wyjściami
- ścieżkę do skompilowanego pliku z programem który sprawdzamy
Dostajemy na out:
- plik in dla których nie przeszło testu
Ja osobiście mam taki programik, ale jest tak brzydki, że chyba się nim nie pochwalę Zresztą zazwyczaj po prostu otwieram pliki z outami w notepadzie i robię alt-tab. Programu używam jedynie dla długich testów.
Dodatkowe "fajne" funkcje:
- wyświetlony czas wykonania
- linijka pliku wejściowego o której wspomniał narbej - nie zawsze się da, ale czasem można j[color=#FF0000][s]a[/s][/color]ą "zgadnąć" - np wtedy gdy w pliku in i out jest tyle samo liniio (albo o jedna więcej z pominięciem pierwszej - bo to prawdopodobnie liczba testów). Wtedy jeśli się dla jakiegoś problemu da można sobie tak przygotować in, żeby był on w jednej linii.

I gratuluje inicjatywy

PS. Jeżeli ktoś zna fajne narzędzia tego typu to podzielcie się.