Zdaje mi się, choć nie mam pewności, że dla wszystkich sprawdzonych przeze mnie wartości Twój program wyświetla tylko:

Przykład:

http://ideone.com/JqfRe658

Najpierw zrób tak, żeby kod działał w prawidłowy sposób, a dopiero potem martw się czy jest wystarczająco szybki. To że działa Ci w twojej ide'a jest bez znaczenia. Gdyby dane były podawane w poniższy sposób, jedna linia jedna dana [liczba], twój kod zadziałałby, ale przecież nie tak są podawane: http://ideone.com/hzzUXf19

To, że wyłapujesz wszelkie błędy [try{ } catch] i przy jakimkolwiek program kończy działalność, powoduje i na SPOJu i na ideone brak [pusty] stodout i nie widzisz, że program jest błędny - błędnie wczytujesz dane.

Dzieje się tak dlatego, że źle wczytujesz dane. Masz w jednej linii dwie zmienne (np. 50 50), a Ty czytasz readline czyli całą linię "50 50" do stringa i później rzutujesz to na int1. Jak myślisz... czym będzie int1? Przecież nie da się zrzutować "50 50" na int. Spróbuj poniższym sposobem:

int a[] = new int[2];
String line = br.readLine();
String[] strs = line.trim().split("\\s+");
for (int i = 0; i < 2; i++) {
    a[i] = Integer.parseInt(strs[i]);
}

to tylko sposób na przeczytanie dwóch liczb z jednej linii. Z resztą musisz sobie poradzić sam.

Edit: I @narbej mnie trochę ubiegł

To była tylko podpowiedź jak wczytywać dane z jednej linijki. Bardzo źle, że przepisałeś ją żywcem bez dostosowania. Czy na prawdę potrzebujesz tablicy intów i pętli? Czy musisz deklarować zmienne w pętli (to zwalnia), a nie możesz poza nią? Czym jest argument metody split? Może da się go zapisać prościej niż \\s+? Ja po przerobieniu tych trzech rzeczy dostałem AC.

Jeżeli to Ci nie pomoże to masz StringTokenizer zamiast splita: https://cpe.ku.ac.th/~jim/java-io.html14
Poza tym można napisać własny konwerter string -> int: http://codeforces.com/blog/entry/68347
A zamiast BufferedReader przyjrzeć się Console: https://stackoverflow.com/questions/33506302/what-are-the-fast-ways-to-take-input-in-java25

I to: http://www.codejava.net/java-se/file-io/3-ways-for-reading-input-from-the-user-in-the-console14

Inna sprawa, że Java jest wolna w operacjach wejścia/wyjścia. Ale jak napisałem... zmieniając tylko te trzy rzeczy dostałem AC: http://pl.spoj.com/status/VSR,redysz/26