Wczytywanie instrukcją cin>>litera; ignoruje białe znaki takie jak spacja, enter itd. Użyj metody getline, która wczytuje całe wiersze np.
char tab[202];
while(cin.getline(tab,202)) {
int i=0;
while(tab[i])
cout<<szyfr(tab[i++]);
cout<<endl;
};
cout<<endl;
}