Podejrzewam, że wstawiając obiekt do listy, tak naprawdę przekazywana jest tam referencja do tego obiektu. To powoduje, że dwie listy trzymają referencję do tego samej zmiennej i zmiana w jednej liście powoduje automatyczną zmianę w drugiej. Rozwiązaniem jest przekazanie do jednej z list kopii obiektu. Możesz to zrobić na dwa sposoby:
for i in range (0, liczba_testow):
parka = [int(x) for x in input().split()]
para_grup.append(parka)
para_pamieci.append(parka.copy())
albo:
for i in range (0, liczba_testow):
parka = [int(x) for x in input().split()]
para_grup.append(parka)
para_pamieci.append(parka[:])