Po pierwsze nie wypisuj niczego czego niema w specyfikacji wyjścia, wyniki sprawdza komputer więc "Podaj ilosc sprawdzanych liczb:" oraz "Podaj liczbe nr. cośtam" zostaną uznane za błędne odpowiedzi. Co zaś się tyczy przekroczenia limitu czasu, to przy sprawdzaniu czy 1 jest liczbą pierwszą nie wypisze mi nic (mi zresztą kompilator zwrócił uwagę że masz ifa który nie nie robi nawet jeśli warunek jest prawdziwy).
ps nie musisz korzystać z tablic, możesz wczytać liczbę, sprawdzić ją, wypisać i wczytać następną.