Tak się nie powinno tego robić. Jeżeli już, to lepiej char wyrazy[50][201]; // C ≤ 50, 200 +'\0'
Ale tak naprawdę, najlepiej wczytać jeden wyraz, i od razu wypisywać po kawałku odpowiedź, następnie, dopiero wczytać następny i tak do końca, robić to na zmianę. Co innego, gdyby, trzebaby dodatkowo, przed wypisaniem, posortować "obrobione" wyrazy, ale przecież nie trzeba? A jeżeli tak, to nie potrzebujesz też tablicy.
Dzięki temu dodatkowo, mógłbyś łatwo pozbyć się problemu w swoim kodzie, który powoduje błąd.
IN
AAAAAAAA......AAAAAAAAAAAAA //ZAMIAST KROPEK DOPISZ BRAKUJĄCE A
out
A200
IN:
AB......B ///ZAMIAST KROPEK DOPISZ BRAKUJĄCE B
OUT
AB199
ITD