Witaj. Znalazłem w twoim kodzie kilka błędów:
1)
Za mały rozmiar tablicy. W przykładowym kodzie masz podaną wartość 1001, nie 100.
2)
Po co wczytujesz całą linię dwa razy?
cin.getline(wyraz1,100);
cin.getline(wyraz2,100);
Nie ma to sensu, bo masz zrobić to tak jak jest na wejściu w przykładowym teście.
Zrób to co opisałem w punkcie 1) i wczytaj dane w ten sposób:
cin >> wyraz1 >> wyraz2;
3)
Wywal zmienne z i x w funkcji stringmerge i operuj na indeksach zmiennej i w pętli for.
Po tych zmianach gwarantowane AC 